El Diario de Hoy fue citado como promotor de la masacre de los 6 sacerdotes jesuitas durante la guerra civil en nuestro país; esto en el marco del juicio que actualmente se lleva a cabo en la Audiencia Nacional Española en contra de los imputados del delito de lesa humanidad.
Una de las voces acusadoras de la audiencia confesó: “esas soflamas incendiarias de la radio y de El Diario de Hoy, en el que se llega a señalar y a exigir el asesinato de los jesuitas, por lo cual, ese grupo de conspirados, militares fundamentalmente pero con una aportación civil, sabían que tenían una cobertura social que les iba a apoyar en aquello que consideraban y excusaban como algo ‘justo’, pues, asesinar a unos ‘subversivos’”.
La masacre, que habría sido avalada por el expresidente Alfredo Cristiani, del partido ARENA, y el Alto Mando de la Fuerza Armada de aquella época, contaría con la participación de El Diario de Hoy, único medio de comunicación de aquel entonces ligado a la barbarie.