Fuertes críticas ha desatado la decisión de anular el proceso penal en el caso Jesuitas por parte de los magistrados de la Sala de lo Penal, Juan Manuel Bolaños y Roberto Argueta.
José María Tojeira cuestionó la decisión de la Sala: «Seguimos con los oscuros magistrados Bolaños y Argueta. Consagran la impunidad en el caso jesuita, se burlan de la sentencia de inconstitucionalidad de la amnistía y anuncian: Si masacran no se preocupen; Si hay poder y plata lo arreglamos en Sala de lo Penal».
La sentencia emitida por la Sala de lo Penal declara «nulidad absoluta»del caso por considerarse prescrito, con dicha decisión todos los involucrados quedan eximidos de toda responsabilidad respecto al caso, lo que incluye por supuesto a altos mandos de la fuerza armada de 1989.
Durante un juicio reciente llevado a cabo por la Audiencia nacional de España, se determinó que el ahora diputado Rodolfo Parker en su calidad de abogado defensor de los militares alteró pruebas incriminatorias para los autores intelectuales del hecho.
«Los Magistrados Bolaños y Argueta se pusieron a la altura de las infames sentencias de la década de los 80’s, han violado los Derechos Humanos, los tratados internacionales y la Constitución. Podrían haber incurrido en responsabilidad penal, no deben quedar impunes, como los generales que han protegido», declaró David Morales, ex procurador de derechos humanos.
Diferentes entidades de derechos humanos se han manifestado en contra de la resolución de la sala y han señalado a los magistrados como serviles a poderes oligarcas a quienes les conviene enterrar el caso.